高等教育研究所成立于2002年3月，系南京农业大学直属单位，原与发展规划办公室、中国农学会教育专业委员会秘书处合署办公。2012年3月因学校管理机构调整，高教所管理模式调整为“校设院管”，纳入科学研究院的校设研究机构序列，主要承担研究生培养、学术研究、决策咨询、国际合作等职能，依托公共管理学院实施管理。目前，高教所科学研究和人才培养工作与公管院结合更加紧密，作为校级学术机构的国际交流和联络职能得到加强，是全球高等农业教育协会联盟（GCHERA）世界农业奖中国联络处的依托机构。

自成立以来，高教所坚持教育教学研究为学校改革发展服务的基本宗旨，以教育经济、教育管理、教育政策、教育发展战略与规划研究为切入点，以高等农业教育研究为特色，努力成为学校改革与发展的信息库、思想库和人才库，引领中国高等农业教育研究的发展方向。

高教所2005年被江苏省高教学会评为“江苏省优秀高教研究机构”,2008年被中国高教学会评为“第二届全国优秀高教研究机构”。2011年被中国高教学会评为“第三届全国优秀高教研究机构”。

高教所现任所长为刘志民教授。