建设主体功能区是国家发展的新思路，建设高教强国需要创新高教发展理论。近些年来，国家在经济的发展思路上，提出转变发展方式，并在十二五规划制定上中央把GDP的增长速度列入其中。在科技发展的思路上，2006年提出建设创新型国家的概念。在人才发展的思路方面，2010年6月提出建设人才强国的目标。在教育发展思路上，则提出两基本一进入。在综合发展的思路上，即为建设国家主体功能区。在这几个部分中，最核心发展思路就是要从做大到做强。
    目前，对国家主体功能区高等教育关注和对国家主体功能区的主要发展思路的研究尚稍欠缺，但实际上主体功能区将会是今后中国高等教育战略发展的新思路。从2006年起，中央在经济方面，在十一五规划上，在整个的发展战略上，不断强化一个推进形成主体功能区的思路。在2007年7月，国务院正式发布国务院关于编制全国主体功能区规划的实施意见，在十七大中提出：加强国土规划，按照形成主体功能区的要求，完善区域政策，调整经济布局。遵循市场经济规律，突破行政区划界限，形成若干带动力强、联系紧密的经济圈和经济带。《国务院关于编制全国主体功能区规划的意见》中提出：全国主体功能区规划是战略性、基础性、约束性的规划，是国民经济和社会发展总体规划、人口规划、区域规划、 城市规划、土地利用规划、环境保护规划、生态建设规划、流域综合规划、水资源综合规划、海洋功能区划、海域使用规划、粮食生产规划、交通规划、防灾减灾规划等在空间开发和布局的基本依据。这意味着国家主体功能区将成为今后国家经济以及一系列规划战略的基本依据，而高等教育也是要服从于服务于适应于该发展思路。
    在2008年8月，国务院常务会议审议通过《进一步推进长江三角洲地区改革开放和经济社会发展的指导意见》。2009年5月通过的《国务院关于支持福建省加快建 设海峡西岸经济区的若干意见》。2008年12 月国家发改委批准的《珠江三角洲地区改革发展规划纲要（2008- 2020）》。 国务院又连续批复了《关中-天水经济区发展规划》、《江苏沿海地区发展规划》、《横琴总体发展规划》、《辽宁沿海经济带发展规划》、《促进中部地区崛起规划》和《中国图们江区域合作开发规划纲要》等区域发展规划。至此，长三角、珠三角、北部湾、环渤海、海峡西岸、东北三省、中部和西部等区域发展的大格局和大框架基本形成。通过这一系列的探讨来推进国家主体功能区的发展。
    国家主体功能区是一个新的思维吗？我们应该认识到它是打破了传统的中国式发展思路，包括大一统的平均发展和非均衡发展的两难境地。突破原有思维定势，因为简单的集权和分权的两极发展思路，都不符合未来的国家战略利益。而从国际视野来看，国家主体功能区将国家竞争力理论具体化为战略选择：人力资源强国。从国家视野的发展来看，转变为主体功能区理论的发展基本策略，即区域一体化协调发展战略，打破了省级的行政区划界限。
    国家主体功能区包括：优先发展区、重点开发区、限制开发区、禁止开发区，特别重视城市带、都市圈， 经济带、经济圈的发展，表现在三角地带（长三角、珠三角、西三角）、海峡两岸、两湾（北部湾、渤海湾）的发展。主体功能区不是简单地以每个省级行政区划为单位划地为牢，搞“小而全”的小农式发展；而是用发展新思维、新模式进行新的战略谋篇布局。高等教育应该对这种发展战略思路给予积极地应答。
    美国在《领导力检验：美国高等教育的未来指向》 （A Test of Leadership: Charting the Future of U. S. Higher Education ）中提到：今天，我们可以毫不夸张地宣称高等教育已经成为美国最伟大的成就之一。高等教育中卓越、创新和领导力的国家能力将成为一个现代国家维持经济增长和社会凝聚的核心力量。 在英国《更高目标：知识经济中大学的未来》（Higher Ambitions）中提到：英国的大学已经成为国家的名片，是知识经济和文明社会的心脏，是英国屹立于世界的根基，一个强大的高等教育体系不仅关系到一个国家的经济成就，而且深刻影响着社会的思想和文化潮流。由此可见，高等教育与经济社会关系正在发生前所未有的变化，我们必须敏锐准确捕捉到这种新变化，我们必须不断探索、丰富、创新中国高等教育发展理论。
    建设高等教育强国同样需要创新高等教育发展理论， 在《中长期规划纲要》第七章中提出：提高质量是高等教育发展的核心任务，是建设高等教育强国的基本要求。在《国家高等教育专题规划》的序言中提出：高等教育是国力强大、民族昌盛、社会文明的重要推动力。它的战略目标包括：全面提高高等教育质量，建设高等教育强国；基本形成世界水平、中国特色现代高等教育体系。全面提高高等教育质量，建设高等教育强国是今后10年乃至更长时期中国教育肩负的庄严神圣的新使命。
    据2009年底统计，中国高等学校总数已达到2689 所，其中普通高等学校2305 所，民办高等学校384 所。此外，培养研究生的科研机构315个，民办其他高等教育机构812个，高等教育的学校和机构总数3816 个。我国已是高等教育大国，高等教育规模位居世界第一，研究生在校生位居世界第二，接受高等教育的人口9830万人，有高等教育学历的从业人员总数位居世界第二。目前，中国高等教育发展进入新阶段，从做大高等教育到做强高等教育，同时需要探索、丰富、创新高等教育发展理论。
    最后，关于探索与国家主体功能区发展战略相匹配，与建设高等教育强国目标相适应的中国高等教育发展新理论。在中国高等教育资源区域生态分布中，宏观生态分布呈现东高西低呈阶梯状分布，中观生态分布呈现以区域文化为内核的区域聚合，微观生态分布呈现与城市集群发展密切伴生。中国大学集群包括国防战略驱动、市场经济驱动、区域文化驱动、人口需求驱动的大学集群。大学集群的集聚可产生溢出效应，即一些长期发展形成的高度密集的城市群被称都市圈、城市带，产业群被称为经济圈、经济带，它们具有一种强烈的集聚—溢出效应现象。大学集群所带来科技文化知识集聚的效应也非常强大，当知识集聚到一定程度，必然会向周边地区强烈辐射，使知识的集聚效应转化为溢出效应。一个区域发展高等教育不仅对本区域具有很大的作用，而且会外溢到相邻区域或整个国家，对相邻区域或整个国家的发展都具有很大的益处。随着区域间高等教育相互开放、彼此合作、优势互补、共同发展，区域高等教育的溢出效应会不断扩大和增强。
    在国家主体功能区发展战略思路下，高等教育与区域经济社会发展可能以下存在三种关系：区域高等教育先导发展关系；区域高等教育伴生发展关系；区域高等教育跟随发展关系。 在国家主体功能区发展战略思路下，高等教育区域发展可能以下存在四种模式：.政府主导、科教驱动模式；市场主导、经济驱动模式；政府扶持、生态驱动模式；混合动力、多元驱动模式。
    构建中国高等教育区域发展新理论，以国家主体功能区发展战略为依据,充分发挥高等学校集群的集聚--溢出效应作用；遵循高等教育与区域经济社会发展的先导、伴生、跟随三种互动关系；实施科技驱动、经济驱动、生态驱动、多元驱动四种发展模式；建设世界水平、中国特色现代高等教育体系。
    历史证明，当国家处于生死存亡的极度动荡时期，教育不能救国，现实证明，当国家处于和平建设的发展时期，教育能够兴国，未来证明，当国家处于伟大复兴的关键跃升时期，高等教育可以强国。 建设高等教育强国急需探索中国自己的高等教育发展新理念、新理论、新模式！